Primeira equipe em automação naval e submarina da Universidade, a equipe UFRJ Nautilus surgiu no departamento de Engenharia Naval e Oceânica e conta com alunos de diversos cursos de graduação. O projeto é construir um robô submarino autônomo (AUV), uma pequena embarcação submersível, programada para ser capaz de executar uma missão de forma completamente autônoma, sem tomada elétrica, conexão hidráulica ou conexão de controle ou qualquer outro tipo de ligação vinda da superfície. Os membros recebem capacitações em oficinas de uso da equipe e realizam ensaios e simulações.